Jean-Auguste Margueritte découvre l'Algérie en 1831, lorsque son père, gendarme, est envoyé à Kouba. C'est là qu'il passe la plus grande partie de sa vie et de sa carrière militaire. Il apprend l'arabe qu'il maîtrise très jeune. Il s'engage à 14 ans dans les gendarmes maures.

Il est successivement chef du bureau arabe de Teniet-el-Had, lieutenant au 2e Spahis, puis en 1855 capitaine chargé du commandement du cercle de Laghouat. En 1860, il est lieutenant colonel au 12e Chasseurs de France.

Pendant l'Expédition du Mexique entre 1862 et 1864, il prend le commandement en second du 2e Régiment de Marche. Le 2 juillet 1863, à la tête du 3e Régiment de Chasseurs d'Afrique, il rentre en Algérie avec le grade de colonel.

Le 1er décembre 1867, il est nommé général de brigade, commandant de la subdivision d'Alger.
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